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| Registros recuperados : 1 | |
| 1. |  | BESSA, A. T. M.; NEGREIROS, M. Z. de; LOPES, W. de A. R.; RESENDE, F. V.; NUNES, G. H. de S.; PAIVA, L. G. de; LIMA, M. F. R. de; PAULINO, R. da C.; GRANGEIRO, L. C. Degenerescence of virus-free garlic cultivars in altitude conditions in the Semiarid region of the Northeast of Brazil. Horticultura Brasileira, v. 39, n. 2, p. 236-240, Apr./June 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| Registros recuperados : 1 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
20/10/2011 |
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Data da última atualização: |
20/10/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
RAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides. MenosPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
INDEL; Mapeamento; SNP. |
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Thesagro: |
Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/43989/1/Analise-in-silico-e-in-vivo.pdf
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Marc: |
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Embrapa Café (CNPCa) |
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